C’est une unité qui s’occupe du suivi scientifique des écosystèmes naturels (zone humide, parc national, réserve naturel), en particulier le Parc National de l’Ichkeul (écosystème aquatique : lac et marais) ainsi que les sites sensibles qui nécessitent un suivi particulier faune, flore, hydrologie…
Depuis 1995, l’ANPE (Unité des écosystèmes naturels) effectue un suivi scientifique en particulier de l’écosystème aquatique de l’Ichkeul (hydrologie, biologie…). Le suivi est basé sur des indicateurs pertinents ceci pour la mise en œuvre des programmes de réhabilitation de l’Ichkeul.
Le programme de suivi a été élargi depuis 2003 suivant les recommandations de l’UICN (Union International de la Conservation de la Nature).
