L’Organisation administrative et financière de l’ANPE est fixée par le Décret n° 88-1784 du 18 octobre 1988 tel que modifié par les décrets n° 90-375 du 22 février 1990, 93-335 du 8 février 1993 et 93-1434 du 23 juin 1993.

Selon l’art 1 du décret, l’agence est administrée par un Conseil d’établissement présidé par un Directeur Général, nommé par décret sur proposition du Ministère chargé de l'Environnement.

Ce conseil est composé en outre de 12 membres relevant de différents Ministères.

La tutelle de l’Etat sur l’agence est exercée par le ministère chargé de l’Environnement. En outre, et en tant qu’Entreprise publique, L’Agence est soumise aux obligations prévues par la législation et la réglementation en vigueur et notamment la loi 89-9 du 1er février 1989 relative aux participations et entreprises publiques.

L’organigramme des structures centrales de l’ANPE est fixé par le Décret n° 2007-446 du 6 mars 2007, il comporte :

3 départements :

• Département des services communs avec 3 directions, 5 sous directions et 11 services 
• Département de l’évaluation environnementale et de la dépollution avec 2 directions, 4 sous directions et 11 services 
• Département contrôle et suivi de la pollution avec 2 directions, 4 sous directions et 12 services .

• - 3 Directions rattachées directement en staff à la Direction générale comprenant 5 sous directions et 9 services.

  - 2 directions rattachées en line à la Direction générale avec 2 sous directions et 5 services.

  - La sous-direction des marchés rattachée directement à la Direction générale.

  - le bureau d’ordre central et le service des archives, également rattachés en staff à la DG.

En plus de ses structures centrales, l’ANPE est représentée, au niveau régional, par huit représentations, avec rang de directions :

• Direction régionale du Nord 1 et couvre les gouvernorats de La Mannouba et Bizerte.
• Direction régionale du Nord 2 et couvre les gouvernorats de Tunis et l'Ariana,
• Direction régionale du Nord-est et couvre les gouvernorats de Nabeul, Ben Arous, et Zaghouan.
• Direction régionale du Nord-Ouest et couvre les gouvernorats de Beja, Le Kef, Jendouba et Siliana.
• Direction régionale du Centre-Est et couvre les gouvernorats de Sousse, Monastir, Mahdia.
• Direction régionale du Centre-Ouest et couvre les gouvernorats de Kairouan, Kasserine, et Sidi Bouzid.
• Direction régionale du Sud-est et couvre les gouvernorats de Sfax, Gabes, et Médenine.
• Direction régionale du Sud-ouest et centre-Ouest et couvre les gouvernorats de Gafsa, Kebili, Tozeur.et Tataouine.

Chacune de ces Directions comprend 1 service unique : Service administratif et juridique.

L’ANPE dispose d’un corps d’agents contrôleurs, habilités à constater les infractions et à dresser les procès-verbaux (Décret 90-2273 du 25 décembre 1990 portant statut des experts contrôleurs relevant de l’ANPE).

Ces agents ont le statut d’officiers de police judiciaire et sont compétents pour contrôler le fonctionnement, l’efficacité et le rendement des installations de traitement des rejets ou de leur élimination, ainsi que le respect des prescriptions contenues dans les autorisations de rejet. Ils ont des pouvoirs d’accès et d’investigation étendus.

Les experts contrôleurs sont dotés d’une carte d’identification professionnelle leur donnant accès à tous les établissements publics et privés (…). Lors de leurs contrôles, ils peuvent effectuer tout prélèvement et recueillir tout échantillon nécessaires à l’accomplissement de leurs tâches ( Article 8 du D. 90-2273 du 25 décembre 1990 sus visé.)

Concernant l’aspect financier, les recettes de l'Agence sont, constituées principalement des subventions de l’État. Les financements propres, proviennent des produits des amendes et des transactions ainsi que de la taxe de contrôle et de surveillance des établissements dangereux, insalubres et incommodes.